石蠟包埋的組織在研究後，切片在室內可以保存3個月以上。
低溫可以延長石蠟包埋組織的保存期，石蠟包埋組織樣本壹般可在10℃-30℃條件下保存3年，而使用核酸提取試劑提取後的核酸標本，根據不同方案的要求，DNA樣本保存於-20℃以下，RNA樣本保存於-70℃以下，壹般不超過6個月。
石蠟包埋的組織塊放置或保存幾年之後會變幹、變脆，所切組織切片在切片時較易碎裂；把組織塊放在濕盒裏濕潤過夜或幾天後再切，可避免或減少這種碎裂。
石蠟包埋技術使用須知
作為包埋組織使用的石蠟不僅由於氣候的不同需要加以選擇，而且與組織的硬度也有密切關系，過硬的組織選用硬度較高的石蠟包埋，反之，軟組織則應以硬度較低的石蠟包埋。其熔點壹般要求再60度左右。
包埋用石蠟加溫不可過高，以保持其不凝固為度，溫度過高容易將組織燙壞，使得組織變硬，變脆，並發生卷曲，收縮變形而不利於切片，甚至影響診斷。另外註意埋蠟的溫度和組織本身的溫度，兩者是否合適，溫度不壹致常可造成組織與周圍石蠟脫裂的現象，而達不到包埋的作用。
包埋用石蠟應掌握用量，以組織全部包埋完畢，石蠟也恰好用完為宜。包埋應註意組織病變面放在下面，並盡可能使組織放平，在不損傷組織的情況下可用鑷子輕壓。