神奇校車的閱讀順序為圖畫書版、橋梁版、手工益智版、動畫版、人文版、閱讀版。
畫書版這個版本是神奇校車系列的鼻祖，原本有11冊，在2018年的時候又新增加了壹冊，所以目前這個系列壹***有12冊，包括《科學博覽會》《水的故事》《地球內部探秘》《在人體中遊覽》《迷失太陽系》《海底探險》《追尋恐龍》。
《穿越颶風》《奇妙的蜂巢》《漫遊電世界》《探訪感覺器官》《氣候大挑戰》。
這套橋梁版的神奇校車目前有20冊，包括《瘋狂的樹葉旅行》《雪野迷蹤》《飛離鳥巢》《月球漫步》《北極探險》《體驗心臟》《像螃蟹壹樣爬》《與恐龍壹起飛翔》。
《丟失的牙齒》《乘風飛翔》《次感恩節》《建造自由女神像》《經歷暴風雨》《飛向太空》《冬眠》《在蝙蝠洞裏》《回收利用》《困在網中》《鯊魚奇遇》《戰勝病菌》。
這套橋梁書的字數相對較少，內容也淺顯易懂，從3歲開始給孩子讀這個系列的，孩子超級喜歡。而且由於這套書的對話和描述比較簡練，孩子很容易學習與復述，進行自主閱讀。
手工益智版這套書原有8冊，後來新增了7冊，目前壹***有15冊，包括《飛行的秘密》《動物的體溫》《神秘的太空石》《鮭魚的洄遊》《誰主沈浮》。
《沙漠之旅》《螞蟻世界》《聲音博物館》《蝴蝶的秘密武器》《植物生長的奧秘》《光的魔力》《水的循環》《奇妙的珊瑚礁》《動物的棲息地》《力的故事》。
動畫版這套書壹***有10冊，包括《深入火山》《蛋糕的秘密》《有趣的食物鏈》《腐爛小分隊》《點亮彩虹》《星星誕生記》《與病菌作戰》《種子的奧秘》《氣象超人》《把熱留住》。
人文***有3冊，包含《埃及大旅行》《城堡大進攻》《中國大遊歷》。
閱讀版目前壹***有16冊，包括《火山之旅》《解密巖石》《恐龍偵探》《奮飛的蝴蝶》《奇妙的磁力》《追蹤龍卷風》《覓骨尋蹤》《探索宇宙》。
《走近微生物》《拜訪企鵝》《逃離巨鯊》《怒海賞鯨》《跟蹤昆蟲》《穿越雷電》《巡航北極》《探尋蝙蝠》。