根據空間布局和岸線分區，規劃建設5個功能組團。
南寧組團。主要包括南寧市區及周邊重點開發區，發揮首府中心城市作用，重點發展高技術產業、加工制造業、商貿業和金融、會展、物流等現代服務業，建設保稅物流中心，成為面向中國與東盟合作的區域性國際城市、綜合交通樞紐和信息交流中心。
欽（州）防（城港）組團。主要包括欽州、防城港市區和臨海工業區及沿海相關地區，發揮深水大港優勢，建設保稅港區，發展臨海重化工業和港口物流，成為利用兩個市場、兩種資源的加工制造基地和物流基地。
北海組團。主要包括北海市區、合浦縣城區及周邊重點開發區，發揮亞熱帶濱海旅遊資源優勢，開發濱海旅遊和跨國旅遊業，重點發展電子信息、生物制藥、海洋開發等高技術產業和出口加工業，拓展出口加工區保稅物流功能，保護良好生態環境，成為人居環境優美舒適的海濱城市。
鐵山港（龍潭）組團。主要包括北海市鐵山港區、玉林市龍潭鎮，充分發揮深水岸線和緊靠廣東的區位優勢，重點建設鐵山港大能力泊位和深水航道，承接產業轉移，發展臨港型產業，建設海峽兩岸（玉林）農業合作試驗區。
東興（憑祥）組團。主要包括防城港東興市、崇左憑祥市城區和邊境經濟合作區及周邊重點開發區，發揮通向東盟陸海大通道的門戶作用，發展邊境出口加工、商貿物流和邊境旅遊，拓展憑祥經濟技術合作區功能，建立憑祥邊境綜合保稅區。