故事開始在地中海的裏斯本，主人公拉斐爾為了理想受到朋友的鼓勵，與庫拉烏迪?馬奈烏斯、傑拿斯?帕沙、弗裏奧?埃涅科出海周遊世界。
在阿爾及爾海域遇見阿爾及爾海盜頭目巴巴洛沙?法斯爾?海雷丁，與之定下對付西班牙無敵艦隊的同盟。隨即遇見無敵艦隊，在海雷丁的援助下，得以逃脫。
按照弗裏奧的要求來到雅典，博物博士漢斯?勒茨和年輕學者阿爾加迪斯?歐多西斯加入隊伍。從漢斯那裏聽到關於“七海霸者之證”的傳說，拉斐爾決定開始尋找霸者之證的旅途。
在伊斯坦堡，安傑洛?普契尼加入。
伊斯坦堡的同業公會交給任務：到世界東方為小男孩找藥——到杭州買到華佗的中藥後帶回伊斯坦堡的同業公會，出現遺跡，帶上“去巖窟村莊的地圖”去探索，可發現“洞窟修道院”，並獲贈黃銅制煤油燈。
來到亞力山卓，遇見了“卡魯提拉”號的原主人——鐵禮列?滕尼，在其指點下，打開了“秘密裝甲”的開關，此後，拉斐爾的船就可以在改造時加裝二層裝甲。
地中海雖然富庶，但是列強林立，發展空間不大，在弗裏奧的提醒下，拉斐爾決定向非洲進軍。
非洲區域：
來到非洲的第壹站（任壹非洲港口），進港後拉斐爾和庫拉烏迪無意中撞破了阿爾加迪斯?歐多西斯的真實身份——女扮男裝的艾萊娜?歐多西斯。
由非洲返回地中海後，某港口寄港，出港來到海面時，弗裏奧想念孫女，要去倫敦。
倫敦，克莉斯汀娜?埃涅科加入，要求去西班牙看鬥牛。
西班牙/葡萄牙任壹港口酒場，克莉斯汀娜跳起安達魯西亞舞。
賽維利亞入港，看鬥牛，副鬥牛士埃米利奧?菲隆加入。
在聖喬治，曼努埃爾?阿爾米達加入。
聖喬治造船廠，造船廠老板會問妳是否願意聽帆船講座。
在聖喬治碼頭，得到消息，阿博科魯克軍正在尋找拉斐爾，需要趕回裏斯本。
回到裏斯本，進王宮，拜見阿博科魯克，接受命令：與西魯韋拉同盟，***通消滅毒品、人口販子詹洛尼默?德?埃斯皮諾沙，得到資金25000金幣，1％的聖喬治占有率。
在S28 E15附近聽到奇怪的歌聲，出現海怪。
回聖喬治，酒吧女韋麗莎讓我找高麗青瓷香爐給她，此處有兩個選擇：
1. 去東亞，挖出高麗青瓷香爐（N36 E126），就在京城的旁邊；
2. 再多去酒吧壹次，與韋麗莎對話，得到附近有海盜出沒的消息。請水手喝酒，會得到消息：壹支來歷不明的艦隊正駛向XX，那就是海盜私掠艦隊，打敗海盜後得高麗青瓷香爐。
回去聖喬治，高麗青瓷香爐把交給韋麗莎，出現遺跡泥清真寺，得神秘石板上半部。
向埃斯皮諾沙商會宣戰，打敗他。當埃斯皮諾沙商會解散時，會聽說菲南?西魯韋拉竊取了勝利果實，把總督府遷往索法拉。
趕往索法拉，進港後遇見菲南?西魯韋拉。這家夥還洋洋自得，大放厥詞，最後只給了拉斐爾3000金幣的報酬。卡斯特路商會失去了索法拉的全部占有率，改由西魯韋拉商會占有50％。眾人怒不可遏，紛紛要求打倒西魯韋拉商會，沒說的，宣戰，KO！
西魯韋拉商會解散後，進聖喬治港口，得到神秘石板下半部。
在港口，合並兩個半部石板，得到貝利安德羅的石地圖。
根據地圖，拉斐爾找到了非洲的霸者之證——“阿克斯姆王的金印”。庫拉烏迪與弗裏奧鼓勵拉斐爾前往印度洋。
印度洋區域：
進入印度洋的第壹個港口會遇到伍丁商會的總帥亞伯拉罕?易文?伍丁。在此也有選擇分支：
1. 不答應伍丁的要求，劇情中斷，自由發展；
2. 答應伍丁的要求，前往巴斯拉的同業公會；
1） 拒絕伍丁的同盟要求，劇情中斷，自由發展；
2） 答應伍丁的同盟要求，經過談判，雙方結盟，***同目標是納哥普爾商會的柴門林?阿芙瑪德?納哥普爾；事成之後，卡斯特路商會與伍丁商會在印度洋東西分而治之，作為報償，卡斯特路商會得到索哥德拉1％的占有率。
喀拉蚩入港時，埃米利奧踩到腐爛的棧橋，摔傷了，庫拉烏迪遇見艾萊娜買了花和水果去探望埃米利奧。
當卡斯特路商會在印度洋的勢力值超過伍丁商會和納哥普爾商會成為最大勢力時，伍丁會送來“不枯萎的蓮葉”。
在卡利亥特買到陶瓷的耳環（艦隊中要有克莉斯汀娜?埃涅科），送給巴斯拉酒館的吧女，可發現遺跡。
納哥普爾商會解散以後，拉斐爾艦隊回到巴斯拉。在酒館聽說“帝王的詛咒”。去遺跡探察，被擋了回來。再去酒館打聽，得知香料的事，但由於異教徒不能去，只好拜托阿爾?菲利德?西恩，，還有壹個不能忘記的就是《天方夜談》這本書。
回到非洲的摩加迪休，買來壹倉庫的乳香；在地中海買到《天方夜談》，回去巴斯拉，進入遺跡後，點燃香料，阿爾開始誦讀《天方夜談》，解除了帝王的詛咒，得到“貴霜朝的大盤”。
在旅館裏，得到旅店老板的指點，合成了“梭倫的葉地圖”，經過尋找，終於得到印度洋的霸者之證——“吠陀本集”。
北海區域：
先回到北海，當阿歌特商會的船只與拉斐爾艦隊同時出現在海面上時，傑拿斯看到荷蘭船發來的旗語：“停靠阿姆斯特丹”。
進入阿姆斯特丹港，在街道上遇見了麗璐?阿歌特，她警告拉斐爾不要侵入阿歌特商會的交易圈。
出港之後，遭到海盜維路斯的伏擊，眾人努力逃出。
來到漢堡港，聽人說起格爾哈特?阿迪肯，原來庫拉烏迪認識這個人（偶像哦～～^_^）。格爾哈特?阿迪肯曾是威震四方的海軍大提督，但因為愛徒維路斯的背叛而對自己失去信心，隱居在此。經過懇請，拉斐爾表示相信格爾哈特的方法和理念，感動了格爾哈特，（選擇“贏不了也沒關系”）加入艦隊。
在漢堡的同業公會接到任務，趕赴非洲擊敗海盜，逮捕了傑克斯?勃魯姆，把他帶回漢堡的同業公會。同業公會的總管會告知教堂的位置，教堂的神父會贈送拉奧孔劍。
買到“彩虹色的玻璃珠”，送給倫敦的吧女瑪麗，她會告知遺跡的地點；在港口聽到消息，去同業公會，得到調查環形石柱的任務；調查遺跡（需要地圖），見到邪教徒的祭典。在港口由聽到的消息分析，推斷出要找的東西在環形石柱的影子位置，而且是春、秋分時的位置。在此有2種方法解決：
1. 等到春分或者秋分當天，調查遺跡；
2. 再去壹次酒吧，吧女瑪麗會告知遺跡的石柱是測日歷的東西，由此推斷出測量柱子影子的具體數據。
然後在遺跡挖出“老舊的羊皮紙”，完成任務。
奧斯陸入港。是夜，在海邊，拉斐爾迎著海風拉起了小提琴，岸邊的堤石上坐著壹位異國的美女在傾聽……這是拉斐爾?卡斯特路與赫德拉姆?約阿其姆?柏格斯統，還有絕代美人賽拉?夏爾?巴拉茲的初遇。
當勢力值在北海成為第壹時，進阿姆斯特丹港，麗璐會認輸，交出“紅色的染料”。
在港口，把2件事物合成“泰勒斯的紙地圖”，可以找到北海的霸者之證“狩獵神烏爾的弓箭”。
再次回到倫敦，克莉斯汀娜為了救落水的孩子而溺水，危急之時，米爾瓦?根茨奮不顧身地救起了克莉斯汀娜——雖然他自己很怕水（愛情的力量真偉大……）事後，克莉斯汀娜獲贈船首像——小豬像。
新大陸區域：
來到新大陸。進入加勒比海域，會聽酒館老板講述居民憎恨瑪爾德納德。
在哈瓦那同業公會，接到“最強的勇士”之任務，村民讓拉斐爾去尋找遺跡，但要先找到托拉洛克的小刀，找到後去廣場。
在（北緯22西經97）托拉洛克的小刀，去哈瓦那廣場交給村民，然後學習壹星期武術，可以提高敏捷度。發現遺跡“圖拉戰士像”，在遺跡中得到“典禮用小刀”。
在哈瓦那和委拉克路斯港口，會分別聽到迪歐歌?德?埃斯康特與巴士科斯?德?瑪爾德納德正準備聯合對付卡斯特路商會。先下手為強，分別向埃斯康特軍與瑪爾德納德軍宣戰。
把“七色鸚鵡”送給哈瓦那的吧女西爾委雅，會聽說北方村莊的修道士的消息；前往鱈角，得知修道士救助村民，犧牲了自己，得到“煉金術書”。
在海上擊敗瑪爾德納德軍的第二艦隊，發現其提督原來是維路斯?威海姆?格拉納特——格爾哈特?阿迪肯的大弟子！阿迪肯與其為了各自的理念而爭論。
在新大陸的勢力值第壹時可得太陽圓紋的刀鞘。合成“比塔科史的刀地圖”，，可以找到新大陸的霸者之證——“水晶頭蓋骨”。原來庫拉烏迪很害怕這個東東，^_^！
由哈瓦那或者美利達向北去，發現新城市朋沙科拉。
朋沙科拉劇情：
1. 第壹次入港，只有酒館和港口；救了吉普賽少女夏洛特?米列；聽了他們的悲慘遭遇，拉斐爾決心幫助這些吉普賽人；
2. 為了繁榮村莊，準備建立交易所，需要木材；
3. 買壹倉庫木材，送回朋沙科拉，開始建設交易所；
4. 在新大陸其他港口的交易所，拉斐爾問起庫拉烏迪這壹帶哪種作物會有收成，希望夏洛特的村莊能出現新的交易品。最後兩人選中了玉蜀黍；
5. 買到玉蜀黍，送回朋沙科拉，把種子交給夏洛特；第壹次來到夏洛特家裏做客（：^_^）兩人加深了解……兩個17歲的孩子……已經學會送花了^_^！
6. 壹年以後，帶著貨物再次來到朋沙科拉，正好趕上村莊為了慶祝玉蜀黍長成而舉行的祭典，拉斐爾壹行人高興地參加了……拉斐爾與夏洛特的第壹次kiss（^_^！）……交易所出現，可以投資了……；
7. 不斷進行商業投資和軍事投資，總督府、旅館、廣場、同業公會……逐漸出現。
8. 進入新大陸港口的酒館，艾萊娜開解沒有精神的拉斐爾，並帶來夏洛特的口信：等葡萄牙脫離西班牙統治後再去找她。（葡萄牙被西班牙吞並劇情必須已經發生）
在墨西哥港口靠岸，庫拉烏迪因為看到艾萊娜和男水手壹樣在做苦力，找拉斐爾吵了壹架。
回到裏斯本，拉斐爾與庫拉烏迪說起上次的爭吵，兩人言歸於好；拉斐爾還發現了庫拉烏迪對艾萊娜懷有特殊的好感。
東南亞區域（1）：
進入東南亞海域的第壹個港口，會被碼頭的小夥子警告：這壹帶是葡萄牙印度支那總督道阿爾泰?羅佩斯?第?普雷依拉的勢力範圍，千萬別被盯上。出港時，國內發來急電：西班牙國王正式兼任葡萄牙國王——葡萄牙被西班牙吞並了！
經過慎重考慮，拉斐爾認為目前自己還不能戰勝收編了阿博科魯克軍的西班牙“無敵艦隊”，決定留下來掌握亞洲的霸權，再依靠實力打回去，復興葡萄牙。弗裏奧建議到馬六甲與普雷依拉商會聯手。
來到馬六甲，見到了道阿爾泰?羅佩斯?第?普雷依拉，但他拒絕了拉斐爾的聯手提議，言語之中暗示拉斐爾“到東方鍛煉鍛煉”。
東亞區域：
聽取了道阿爾泰?羅佩斯?第?普雷依拉的建議，拉斐爾繞過東南亞，來到了東亞。
進入東亞的港口，李華梅與楊希恩主動前來接觸，雙方達成協議：李家贈與卡斯特路商會霸者之證的線索，條件是消滅倭寇來島。楊希恩還說，倭寇中有著“各式各樣的船”。
與來島正式開戰，並進駐日本港口，壹出海就會遇到倭寇的“鐵甲船”——這就是楊希恩所說的“各式各樣的船”了^_^！
消滅來島，去杭州見李華梅，得到“竹藝品的組合說明圖”。
把“畫細雪的長袍”送給大阪的吧女櫻子，再次進入酒館，櫻子會說起想看壹眼紗布。跑壹趟印度，買回紗布給她看。櫻子又想喝葡萄酒，只好回歐洲（北海、地中海都有，但不要進裏斯本或者賽維利亞，以免觸發與無敵艦隊的大戰）買來葡萄酒。喝過了葡萄酒，櫻子答應帶拉斐爾等人去看日本的京都，發現遺跡金閣寺（需要地圖）。再遺跡中拉斐爾遇見壹位高僧，他說東亞的霸者之證被以前躲避當權者的中國人帶到遙遠的東北，壹個靠近冰海附近的小村莊。只要找到巨大半島的底部，東岸高峰的山腳下就可以了。
提示：由大阪出發，先去北海道，再到科爾夫；回來時也要經北海道回去，這樣可以及時補充糧食和水、住宿降低疲勞度——改派兄弟不需要看。得到“唐代的竹藝品”。
組合兩件事物，得到“科以倫的竹地圖”，根據地圖找到東亞的霸者之證“秦始皇的長信宮燈”。
在京城，艾萊娜遇到庫拉烏迪在教小孩投球的方法。
在京城廣場，拉斐爾和庫拉烏迪遇見了正在學習道術的宋乙鳳，宋乙鳳加入。
東南亞區域（2）：
在東南亞旅館休息，宋乙鳳的師兄會以道術來訪，托夢給拉斐爾。
得到東亞霸者之證的拉斐爾再次回到了東南亞（若只是得到壹個小物件而不是霸者之證也可以），普雷依拉會問拉斐爾“誰才是真正的敵人”
1. 回答“搶占了葡萄牙的西班牙”進入3；
2. 回答“…………不太明白”，進入4；
3. 普雷依拉失望地打倒庫恩，妳們就趕快回國去吧，贈送“裝有乳液的壺”給拉斐爾，進入5；
4. 普雷依拉詳細解說：掌握東南亞摩鹿加群島的人可以以其財力征服世界，世界之王——庫恩？！眾人大受刺激，決定打敗庫恩。普雷依拉催促拉斐爾先打倒巴魯迪斯，積累了經驗再回來聯合起來與庫恩開戰，進入8；
5. 可選擇分支6、7；
6. “先打倒庫恩”，與庫恩商會開戰，勝利後普雷依拉給軍費50萬；
7. “把庫恩留給普雷依拉”，離開東南亞，回去歐洲；
8. 回地中海打倒巴魯迪斯軍，再與普雷依拉聯合擊敗庫恩，得到“裝有乳液的壺”。
（PS：其中2-4-8的劇情選擇是KOEI官方流程）
把“誓言戒指的劇本”送給馬六甲酒館的吧女露西亞，得知遺跡所在；去雅加達同業公會購買地圖，可以探索馬六甲的遺跡；在遺跡中遇到阿訇，阿訇看到印度洋的霸者之證——吠陀本集之後，會贈送“古代王國的錢幣”。
在港口，把兩個小物件合成“畢阿斯的貨幣地圖”，根據地圖找到東南亞的霸者之證——“庫德裏的永久護符”。
地中海區域（2）
終於回到了地中海哦，此時地中海分為東西兩部分，分別被巴魯迪斯軍和巴夏軍掌握。
彼得羅?德?巴魯迪斯率領著被稱為“無敵艦隊”的西班牙王國海軍，吞並了勢力衰退的葡萄牙，收編了原葡萄牙的王國正規軍“阿博科魯克軍”，懷有稱霸歐洲甚至整個世界的野心；
在小亞細亞和近東實力雄厚的奧斯曼帝國的海軍總司令赫德姆?阿弗美朵?巴夏，壹個接壹個地消滅了東地中海沿岸各國為了完全奪取制海權，他正把目標瞄準了意大利半島；為了對抗西班牙的巴魯迪斯，他意圖迫使曾是同盟關系的巴巴洛沙?法斯爾?海雷丁臣服。海雷丁不甘屈服，與巴夏軍展開激烈的爭鬥，但因為勢力相差懸殊，居於劣勢。
（建議各位不要修改，否則進度過快，會打不出好些劇情的。）
拉斐爾在的黎波裏港口外正好遇見海雷丁家與巴夏軍戰鬥，因為和海雷丁簽下了同盟條約，拉斐爾加入戰鬥，幫助海雷丁打敗了巴夏軍。入港後見到了巴巴洛沙?法斯爾?海雷丁，他邀請拉斐爾到阿爾及爾。
來到阿爾及爾，海雷丁贈送給拉斐爾壹艘最新型的戰列艦，弗裏奧看透了海雷丁的處境，十分惋惜。拉斐爾問明白後決定幫助海雷丁家打垮巴夏軍。
再次進入有海雷丁家勢力的港口，海雷丁出現，叮囑拉斐爾戰勝巴夏軍後去見壓力山卓的祭司。
巴夏軍解散後，去壓力山卓的遺跡，會找到“背德魔鎧”。
回到裏斯本，進王宮會見國王，國王說，只要找到7個海域的霸者之證給教皇看，就可以恢復葡萄牙的王權。
出港，來到賽維利亞，在街上與西門?李納列斯發生沖突，彼得羅?德?巴魯迪斯制止了差點發生的決鬥，要在海上作戰，將拉斐爾等人趕出賽維利亞。
出港後迎接拉斐爾的是與無敵艦隊中的兩支——西門?李納列斯艦隊和阿倫索?德?羅莎艦隊的戰鬥。戰勝之後，面對的就是彼得羅?德?巴魯迪斯直屬艦隊和業已被西班牙收編的阿博科魯克軍艦隊。勝利之後，獲得“畫有圖案的布”。（此戰難度較大——四支艦隊玩車輪戰！建議出港前先存盤，派幾支戰鬥力較強的分艦隊在賽維利亞或者休達警戒，可以得到援助，會減輕很多壓力的）
將兩個小物件合成“庫雷歐布羅的布地圖”，根據地圖找到地中海的霸者之證“肯畢西斯的王冠”。
得到地中海的霸者之證後進地中海港口，傑拿斯?帕沙向拉斐爾提出：如果有自己的艦隊出海，希望在地中海貿易——因為這是富於變化的海域，各式各樣的船只往來於各國之間……拉斐爾表示同意。（PS：這樣做的好處就是前往熱那亞同業公會時會收到傑拿斯的來信，被告知猶大的魔劍的消息，^_^）
收集齊7個霸者之證後，碼頭的小夥子會告知西班牙國王正在尋找拉斐爾。
來到裏斯本，進王宮見國王，遊戲結束。
最後的結尾暴笑：葡萄牙復國，拉斐爾居然被封為葡萄牙海外持有的所有交易圈的副王！好家夥，就差脫袍讓位了，^_^！但是拉斐爾拒絕了，主動要求做探險隊長…………庫拉烏迪與艾萊娜……其他夥伴……還有，夏洛特的來信…………