學院秉承東南大學“止於至善”的校訓，堅持質量至上原則，遵循高等工程教育的內在規律，借鑒國際先進經驗，建構以“基礎教學提升思維水平、專業教學提升科研素養、實驗教學提升應用能力、實訓教學提升系統觀念、外語教學提升溝通手段”為核心的高層次軟件工程技術和工程管理人才培養體系，努力培養學生具有嚴謹的專業態度、厚實的基礎知識、持久的學習能力、出色的合作精神、清晰的系統思維、豐富的技術手段、良好的管理水平、敏捷的應變能力和與時俱進的創新精神，使我們的畢業生能夠體現出鮮明的特點與強勁的實力。
學院積極進行教學改革並完善課程體系，建立優質的培養平臺、營造豐富的多元文化、創新運作和管理模式，探索應用型軟件人才培養的新途徑，以打造我院學生的持久競爭力。學院 根據軟件工程專業的特點， 參照國際上 IEEE/ACM CC2001 、 SWEBOK 、 SE2004 和我國 CCSE2004 課程體系及課程建設標準，吸收國內外大學以及校內優秀課程體系的經驗並依托我校在工程領域方面的優勢，制定了既能體現軟件新技術發展又能適應企業要求、 “理論教學、動手能力培養和工程項目實踐相結合”的 課程體系。學院圍繞“基礎、實力、系統、管理”這四個中心點設計了本科生和研究生的培養方案。課程設置根據專業的最新發展並面向市場需求，按照專業理論基礎、專業技術訓練、專業實踐能力等多方面的培養來進行教學安排，在強調基礎、系統的同時註意跟蹤軟件新技術，項目實訓貫穿在整個教學活動之中。整個課程體系具有方向明確、層次分明、領域滲透、模塊組合的特點。
學院與 Microsoft 、 IBM 、 Ericsson 、 HP 、 Cisco 、 Oracle 、 Intel 、 Motorola 、 Trend Micro 、聯想、中興通信、華為、花旗軟件等 40 余家國內外著名軟件企業以及印度 Infosys 公司開展了多方面的合作，建立了在企業的學生實習 / 實踐基地和在校內的聯合實驗室，上述企業在此方面給予了全方位的支持。 Microsoft 、 IBM 、 Ericsson 、 Oracle 、 Cisco 等著名軟件企業還參與了我院的本科生 / 研究生的培養工作。企業教師主持的課程，打破了傳統的學究型的教學模式，與實際應用緊密相聯，對學生提高自身的實踐動手能力起到了很好的推進作用。而我院學生通過參與企業的實際項目，獲得了對軟件工程的深層次理解。
國際合作方面， 學院努力尋求同海內外政府、企業、教育及研究機構的合作，汲取優秀的辦學經驗，引入先進的運行機制和辦學模式，聘請知名專家學者***同參與學院的建設、管理和教學實踐，逐步確立學院在軟件工程教育領域的地位和聲譽。 學院聘請美國普渡大學、密蘇裏大學、巴克奈爾大學、愛爾蘭阿斯隆理工學院、臺灣交通大學等校的教授及英國、日本、印度軟件企業的資深工程師擔任本科生 / 研究生課程的授課教師，講授多門課程（含實踐），同時開設軟件相關領域的最新發展和前沿技術講座，使學生們能夠在拓展自身視野、提升個人技術實力的同時領略先進國家和地區的教學模式。學院與愛爾蘭阿斯隆理工學院、愛爾蘭考德大學、美國普渡大學 Calumet 工程學院、日本早稻田大學、澳大利亞昆士蘭大學、比利時 GROUP-T 大學等簽署了合作協議，在軟件工程本科生 / 研究生培養及教師互派等方面全面開展合作，每年均有壹批學生去上述大學進行研究和實習；其中，與愛爾蘭阿斯隆理工學院的合作得到了愛爾蘭政府的表彰。 2006 年 6 月，教育部組織的專家組對國家示範性軟件學院進行驗收時，專家們對我院的校企合作和國際合作方面的工作給予了很高的評價。
學院積極組織同學參加各類學科競賽，培養學生的綜合素質。學院制定了壹系列的措施，鼓勵和支持同學們積極參加與專業有關的各類學科競賽，並在指導教師、實驗環境、圖書資料、生活條件等方面給予支持，使同學們在參賽中培養能力、取得經驗、樹立信心，同時營造壹個積極向上的學習、研究氛圍。同學們參賽意識非常強烈，踴躍參加了各類競賽，取得了“挑戰杯大學生創業大賽”全國金獎和江蘇省特等獎、“大中華地區高校資訊科技網上大賽”團體亞軍（大陸地區最好成績）、“全國大學生數模競賽”壹等獎、“ ACM 程序設計大賽”銀獎、“微軟嵌入式 WinCE 大賽”優勝獎、“江蘇省高校大學生物理及實驗科技作品創新競賽”金獎等獎項，在“中國足球機器人大賽”、“ IBM 項目設計大賽”、“趨勢科技百萬程序競賽”、“花旗杯軟件大賽”等許多賽事中也取得了好成績。
學院組織學生成立多個興趣小組，引導學生開展各種課外科技活動，在學生層面的交流培訓已經常規化、條理化。各類興趣小組定期舉辦不同難度級別的培訓講座，充分發揮動手能力強的高年級同學的模範帶頭作用，促進對技術的執著追求，形成互相學習、分享學習經驗的良好氛圍。同學們充分利用課余時間，積極參加包括 SRTP 在內的各項科技活動，六年來***有 30 多人次獲得省級以上的獎勵或表彰。學院還開展形式多樣的軟件文化活動，每年組織壹次“東南大學軟件文化節”，請企業進校做講座並與學院探討如何通過活動培養同學的技術能力、團隊合作意識，讓同學們感受企業文化，了解企業的用人需求；開展了 Flash 大賽、 J2ME 手機應用程序大賽、算法積分賽等賽事，使該項活動成為全校軟件與計算機愛好者交流的平臺和***同學習進步的搖籃。這些活動壹方面鍛煉了同學們在專業方面的技能，壹方面也培養了學生服務社會的意識，提高了同學們的綜合素質。
綜上，我院在軟件工程人才培養方面取得了很好的成績。 2007 年，我院被江蘇省教育廳、江蘇省學位委員會授予“軟件工程研究生聯合培養示範基地”稱號；『軟件工程』和『網絡與通信』兩個本科專業方向被教育部批準為特色專業建設點；『數據結構』和『雙語物理導論』兩門課程人選教育部“百門雙語教學示範課程”；獲得教育部 -IBM 公司大學合作“創新協作團隊獎”；教改項目『工程型軟件人才培養的探索與實踐』獲得東南大學教學成果壹等獎。
由於按照“高層次、應用型、復合型、國際化”軟件人才的目標對學生進行培養，我院的畢業生普遍素質較高，具有較紮實的基礎和分析設計軟件系統的能力，能夠熟練使用多種主流軟件工具、運用先進的工程化方法和技術解決實際問題並控制軟件質量，有較好的英語基礎和使用英語進行交流的能力。畢業生們適應能力強、應用面廣、社會需求量大，絕大多數在軟件、通信、郵電、電力、航空航天、銀行外貿等行業的中外資企業單位和國家機關等事業單位的技術、管理部門從事軟件設計、研究、開發、應用、咨詢、項目管理、質量保證、軟件等方面的工作，得到了用人單位的的高度認可，畢業生供不應求。 700 多名往屆畢業生到國內外著名軟件企業任職者及進入國內外著名高校深造者達到了畢業生人數的近 80 ％，相當壹部分畢業生在微軟亞洲研究院、 IBM 、 Ericsson 、 Motorola 、 SAP 研究院、 Autodesk 、中興通信等著名軟件企業工作。軟件人才是國家的急需人才，按江蘇省信息產業廳的估計，今後幾年僅江蘇省的軟件人才需求就有 20 多萬，對高級軟件人才的需求更為迫切，因此，我院學生的就業將繼續看好。
為了進壹步提升我院高層次軟件與 IT 人才的培養水平、建設瞄準國際先進水平的軟件與 IT 人才培養基地，為我國軟件與 IT 產業發展、增強軟件與 IT 產業的核心競爭力多做貢獻， 2007 年 11 月，東南大學與蘇州市政府簽署了協議，在蘇州獨墅湖高等教育區合作***建東南大學軟件學院（蘇州）。我院所有全日制研究生的培養工作將放在軟件學院（蘇州）進行。軟件學院（蘇州）將按照全新理念、全新機制、全新模式進行辦學，投入壹流的師資，建立壹流的實驗環境，全面優化研究生培養體系，與國內外著名軟件與 IT 企業精誠合作，努力把學院建成國內壹流的培養高層次、應用型、復合型、國際化軟件與 IT 人才的基地，為國家、地方經濟的快速發展和社會進步服務。