1、用途不同
对于变压器而言，零序电流保护与间隙电流保护安装位置相同，都安装在主变的中性点，零序电流保护出口跳闸或发信 （一般选择跳闸），间隙保护只是作用在间隙上的电压超过间隙击穿电压时才动作，将中性点直接接地，无法直接跳闸。有时将两者并用：将零电流保护安装在间隙接地 线上。
2、优点不同
带方向性和不带方向性的零序电流保护是简单而有效的接地保护方式，其优点是结构与工作原理 简单，动作正确率和其他复杂保护。整套保护中间间隔少，特别是对于近处故障，可以实现快速动作，有利于减少发展性故障。
在电网零序网络保持基本 稳定的条件下，保护范围比较稳定。保护反应于零序电流的绝对值，受故障跨越电阻的影响较小。保护定值影响不受负荷的电流，也基本不受其他中性点不接地电网 短路故障的影响，所以保护延时段同样允许整定。
间隙保护的优点是结构简单、可靠、维护运行量小。在工频、操作和雷电过电压下都可 对变压器进行保护。
弱点是在彩色过电压这样的大范围内保护战斗参数确定难度较大，剩余分散性大，保护特性一般，工频续流增大，灭弧能力较差 ，并且间隙动作会产生截波，对变压器本身的绝缘也不利。 强继电保护切除故障，在系统的不急接地端路故障时有增加和数千时间的工频序电流冲击主变压器。
三、作用不同
零序电流保护是指利用接地时产生的零序电流使保护动作的装置，称为零序电流保护。在电缆线路上都采用专门的装置。 中性点直接接地系统发生接地短路，将产生大量的零序电流，利用零序电流互感器来实现接地短路保护。中性点直接接地系统发生接地短路，将产生大量的零序电流，利用零序电流接地保护，可以作为一种主要的接地短路保护。 p>
间隙保护是成本最低，维护量最少的保护，主要用于过压保护，在线路上用得最多。就是在线路的接地设置三个对地的间隙，当电压一定超过的数值 时，间隙击穿短路跳闸。
参考资料：
百科百度-零序电流保护