1987年3月：神户大学医学院毕业
1987年7月：国立大阪病院临床研修医
1993年3月：大阪市立大学医学研究科博士毕业
1993年4月：格拉斯通研究所（Gladstone Institute）博士研究员
1996年1月：日本学术振兴会特别研究员
1996年10月：大阪市立大学医学部助理（药理学教室）
1999年12月：奈良先端科学技术大学院大学遗传因子教育研究中心助理教授
2003年9月：升任奈良先端科学技术大学院大学遗传因子教育研究中心教授
2004年10月：京都大学再生医学科学研究所(Institute for Frontier Medical Sciences)教授（再生诱导研究分野）2008年1月月：京都大学物质-细胞系统合系统据点iPS细胞研究中心长 2007年：梅恩堡奖（梅恩堡基金会 [Meyenburg Foundation]/德国癌症研究中心 [德国癌症研究中心，DKFZ]）（德国）
2008年《时代》杂志“世界百大影响力人物”（The World's Most Influenceal People）（美国）
2008年·罗伯特·科赫奖（德国）
2008年美国科学技术特别奖（日本）
2008年邵逸夫生命科学与医学奖
2009年拉斯克基础医学奖
2011年获得国际最高奖学术奖之一的沃尔夫医学奖，与此一同获奖的还有美国怀特黑德研究所的鲁道夫·杰尼施。
2012年，山中伸与美国软件工程师利努斯·托瓦兹获得芬兰“千年技术奖”，两人分别获得60万欧元的奖金。 2012年10月：与英国成长生物学家约翰·格登（John Gurdon）因在细胞核重新编程研究领域的杰出贡献而获得诺贝尔奖生理学或医学奖。