而新疆線則是指新疆地區單獨劃定的醫師資格考試合格分數線。自2021年起，新疆考區確定了固定合格分數線標準，分為區內和南疆四地州兩個級別，具體分數線如下（2023年）：
- 區內合格分數線：
- 臨床執業醫師：321分；
- 臨床執業助理醫師：155分；
- 鄉村全科執業助理醫師：149分；
- 口腔執業醫師：316分；
- 口腔執業助理醫師：155分；
- 公***衛生執業醫師：314分；
- 公***衛生執業助理醫師：165分；
- 具有規定學歷的中醫執業醫師：326分；
- 具有規定學歷的中醫執業助理醫師：172分；
- 中西醫結合執業醫師：341分；
- 中西醫結合執業助理醫師：173分。
- 南疆四地州合格分數線：
- 臨床執業醫師：268分；
- 臨床執業助理醫師：130分；
- 鄉村全科執業助理醫師：98分；
- 口腔執業醫師：272分；
- 口腔執業助理醫師：146分；
- 公***衛生執業醫師：264分；
- 公***衛生執業助理醫師：119分；
- 具有規定學歷的中醫執業醫師：302分；
- 具有規定學歷的中醫執業助理醫師：165分；
- 中西醫結合執業醫師：315分；
- 中西醫結合執業助理醫師：170分。
需要註意的是，未達到國家合格分數線，只通過新疆區內合格分數線的考生限定在本區內執業，只通過南疆四地州合格分數線的考生限定在南疆四地州內執業。
除了新疆，內蒙古、青海、西藏等地區也有單獨劃定的分數線。這些地區分數線的制定主要是為了解決偏遠地區專業人才不足的問題，幫助留住人才。但通過此類分數線獲得的執業證書在執業地點方面有限制，壹般限定在當地執業。
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