乙醛酸循环在乙醛酸体进行。
乙醛酸循环是植物细胞内生长氧化分层为乙醛CoA之后，在乙醛酸内部生成琥珀酸、乙醛酸和苹果酸；此苹果酸可用于糖的合成过程。动物和人类细胞中没有乙醛酸体，无法将脂肪转化为糖。植物和生物中存在乙醛酸体。植物油料种子萌发时存在着能够将脂肪转化为糖的乙醛酸循环。水稻盾片中也分离出了乙醛酸循环中的两个关键酶柠檬酸异位酶和苹果酸合成酶。
反应过程：生长经过β-氧化分解为乙酰辅酶A，在柠檬酸合成酶的作用下，乙酰辅酶A与草酰乙酰接头缩合为柠檬酸，再经乌头酸酶催化异柠檬酸。另外，异柠檬酸线粒体酶将异柠檬酸再在苹果酸合成酶催化下形成，乙醛酸与乙酰CoA结合生成苹果。苹果酸脱氢重新重新形成草酰乙酸，可以再与乙酰CoA缩合为柠檬酸，从而构成一个循环。
乙醛酸循环特点和意义：
乙醛酸循环和三氨基循环中存在某些相同的酶类和中间产物。 ，它们是消耗不同的促进途径。乙醛酸循环是在乙醛酸体中进行的，是与脂肪转化为糖密切相关的反应过程。而三模拟循环是在线粒体中完成的，是与糖的彻底氧化脱甲苯相关的反应过程。油料植物种子发芽时把脂肪转化为碳水化合物是通过乙醛酸循环来实现的。
乙醛酸循环实现了脂肪到糖的转变，对植物的生长发育产生了重要的作用。乙醛酸循环提高了生物体利用琥珀酸-CoA的能力。只需极少量的草板材做引物，乙醛酸循环就可以持续运行，不断产生琥珀酸，为TCA回补四碳单位。