(1)掃描電鏡主要用以觀察樣品的表面結構，對樣品厚度沒有限制，可直接觀察樣品表面的三維立體結構。投射電鏡雖然分辨本領很高，但壹般只能獲得樣品的二維圖像。
(2)光學顯微鏡和透射電鏡在放大倍數增加時，焦距和景深隨之減小；而掃描電鏡的放大倍數增加時，焦距不變，景深也基本不減小，所以觀察和照相都很方便。
(3)掃描電鏡的放大率範圍很廣，可以從放大鏡的水平(幾倍)變到光學顯微鏡的水平(幾百倍)直到透射電鏡的水平(幾十萬倍)，因此可以認為掃描電鏡填補了光學顯微鏡和透射電鏡之間的空白。
(4)在掃描電鏡中由於圖像不是由透鏡形成的，而是按信號順序依次記錄下來的，所以不僅避免了因透鏡缺陷帶來的對圖像分辨率的影響，而且容易把圖像記錄在存儲介質上作進壹步處理。
(5)掃描電鏡可以與各種分析技術相結合，構成分析電子顯微鏡(又稱電子探針顯微分析儀)，可以實現對樣品的綜合分析。
(6)它有原子量級的極高分辨率，其垂直和平行於表面方向的分辨率分別為0.01nm和0.1nm，即能夠分辨出單個原子。因此，STM可以直接觀測到單原子層表面的局部結構，比如表面缺陷、表面重構、表面吸附體的形態和位置等。
(7)STM能夠實時地給出表面的三維圖像，可以測量具有周期性或不具備周期性的表面結構。
(8)STM可在不同環境條件下工作，包括真空、大氣、低溫，甚至將試樣浸在水中或電解液中．所以非常適用於研究環境因素對試樣表面的影響。
(9)可以研究納米薄膜的分子結構。
但是STM也有它的局限性，它的缺點主要表現在：①由於STM是通過隧道電流的作用而設計的，因此這種儀器僅能用於導體和半導體的表面形貌量測，對於非導體來說就必須給試樣鍍上導電膜，這就掩蓋了試樣表面的真實性，降低了STM的精確度。②即使導電體材料的試樣，當表面存在非單壹電子態時，掃描隧道顯微鏡觀察的也並不是真實的表面形貌圖像，而是表面形貌和表面電子性能的綜合表現。