擁有液相色譜—質譜聯用儀，氣相色譜—質譜聯用儀，熱重分析儀，高效毛細管電泳儀，制備型高效液相色譜儀，配備二極管陣列、示差折光、熒光、蒸發光散射等檢測器的高效液相色譜儀，配備氫火焰離子化、電子捕獲、熱導等檢測器的氣相色譜儀，配備自動點樣、攝像系統的全自動薄層掃描儀，紅外分光光度計，紫外分光光度計，全自動藥物溶出儀，全自動生化分析儀，全自動定氮儀，旋光儀，滴定儀及透氧透濕儀等各類儀器設備 600 余臺 ( 套 ) 。