迄今為止，幾乎整個瑪雅文明都籠罩著壹層難解之謎。有關九世紀時，瑪雅滅亡的假設層出不窮，如洪水、地震、颶風等“天災說”；瘟疫、集體中毒等“傳染病說”；人口膨脹、反覆從事焚林耕作導致土壤貧瘠等“經濟問題說”；外敵入侵、城邦戰爭、農民叛亂等“社會問題說”以及“集體自殺說”，不勝枚舉。盡管眾說紛紜，卻沒有壹種假設有充足的證據令人信服。
在此又面臨壹新的謎題。因為瑪雅人並未建造連接都市與密林的道路，而且至瑪雅黃金時代崩頹為止，也全未使用金屬。在熱帶叢林地帶建造大金字塔，所需的巨石至少要從十裏以外搬運，並切成塊狀。那麽建造大金字塔的巨石來自何處又如何搬運？
以傳統的歷史和文化觀點推測，瑪雅文明是壹種奇異的文明。考古記錄表明，最初的瑪雅人在1500多年前“突然”出現，是在今墨西哥尤卡坦半島、危地馬拉、洪都拉斯和伯利茲部分遙遠的地區。瑪雅文明與同壹時期其他文明的區別在於，瑪雅壹開始就已具備高級技術，並非經歷漫長進化時期。盡管有很多理論，但沒有壹個能夠明確解開“瑪雅之謎”。
盡管專家們對如此強大的文明突然消失從未達成壹致，但對於遺留下來的奇跡沒有異議。有關瑪雅的所有成就中，最深奧的部分是其對宇宙周期和時間的計算。截至20世紀，瑪雅歷法似乎是跟蹤銀河時間最精確的方法。
瑪雅歷法似乎跟蹤某些令人吃驚的事情：罕見的銀河系對齊——太陽、地球和銀河中心排成壹條直線，再過26000年才會再次發生。瑪雅人“銀河定時器”的關鍵是260天記數，即“卓金歷（tzolkin）”或“神歷”，還有壹個互相配合的365天記數，即“哈布歷”。瑪雅人把兩個時間循環的進程看作是兩個車輪的嵌齒，壹直轉到某壹天“神歷”上的日期與“哈布歷”的日期相同。這個罕見和重要的壹天標誌著壹個52年周期的結束，並且是壹個“大循環”時間跨度的壹部分。有記錄表明，最近的大循環開始於公元前3114年8月，大約是最初埃及象形文字的時期，結束的日期是公元2012年。2012年12月21日太陽移動至與銀河系赤道對齊的位置。