在水文地質鉆探過程中，要求每次提鉆後立即對巖心進行編號，仔細觀察描述、測量和編錄。
（1）做好巖心的地質描述。對巖心的觀察描述的內容主要是巖性、結構、構造、層序、層厚、孔隙性、透水性等。有兩點值得註意，壹是註意對地表見不到的現象進行觀察和描述，如未風化地層的孔隙、裂隙發育及其充填膠結情況，地下水活動痕跡（溶蝕或沈積），發現地表未出露的巖層、構造等；二是註意分析和判別由於鉆進所造成的壹些假象，把它們從自然現象中區別出來。如某些基巖層因鉆進而造成的破碎擦痕，地層的扭曲、變薄、缺失和錯位，松散層的擾動、結構的破壞等。
（2）測算巖心采取率。巖心采取率是指所取巖心長度與鉆孔進尺之比率，計算公式為：
專門水文地質學
式中：Ku為巖心采取率，無量綱；L0為所取巖心的總長度（m）；L為鉆探進尺長度（m）。
巖心采取率可以判斷堅硬巖石的破碎程度及巖溶發育強度，進而分析巖石的透水性和確定含水層位。壹般在基巖中，Ku≥70%，在構造破碎帶、風化帶和裂隙、巖溶帶中，Ku≥50%。
（3）統計裂隙率及巖溶率。基巖的裂隙率或巖溶率，是用來確定巖石裂隙或巖溶發育程度以及確定含水段位置的可靠標誌。鉆探中通常只作線狀統計，用下式計算：
專門水文地質學
式中：y為線裂隙率或線巖溶率；L為統計段長度（m）；∑bi為L段內在平行巖心軸線上測得的裂隙或巖溶的總寬度（m）；Ku為L段內的巖心采取率。
（4）壹般在終孔後在孔內進行綜合物探測井，以便準確劃分含水層（段），並取得有關參數資料。
（5）按設計的層位或深度，從巖心或鉆孔內采取定規格（體積或重量的）或定方向的巖樣或土樣，以供觀察、鑒定、分析和實驗之用。如采取諸如孢子花粉、同位素、古地磁等樣品。