進入異空間的兩個人被迫開始了對周圍的探索。目前我們所在的地方是壹個被稱為“隱者之庭院”的據點，這裏將成為今後的基地和補給站，所以要先熟悉壹下這裏。先走遍整個區域，發生劇情，之後再次調查中部的石碑（發生劇情，我方結晶回路全部破碎，PSP版繼承過3rd通關存檔的不會破碎），東南角的大樹，南部的書庫和西南角的泉水，如果有繼承SC與3rd的通關存檔的話在西南方的岔路還會得到通關獎勵。今後，大樹將是食材售賣點，石碑將是道具和裝備的售賣點、結晶回路合成點、回復點，另外每經過五次戰鬥之後都可以在泉水處回滿CP。調查完畢之後通往北方的結界也就解除了。繼續前進之前要做好準備。先在石碑裏面合成幾個必備回路——回復的HP1必須合成，接下來的戰鬥敵人弱幻，所以幻屬性的EP1也要帶上。準備好之後經過北邊的傳送陣前往第壹話的主迷宮——翡翠回廊。
剛壹進入發生劇情戰，敵人弱幻，兩人在後排魔法攻擊即可獲勝。獲勝後繼續探索這個迷宮，註意收集全部寶箱。經過壹次傳送之後會遇到壹個結界，現在這個無法通過，只能走另壹條岔路，岔路的盡頭會看到壹塊金黃色石頭，調查之後會獲得這塊封印石，劇情後提妲加入隊伍。註意今後的封印石都要由我們自己收集之後帶回隱者之庭院的石碑前選擇“解 放封印石”才能解封，並獲得新隊員並解除阻礙前進的結界。
提妲加入之後先前的結界解除，為提妲調整裝備回路之後就通過結界的位置繼續前進吧。提妲的戰技都不錯，回復彈和煙幕彈在初期很有用，缺點就是HP太少防禦力太弱，註意保護這位小Loli。繼續前進會看到壹個“門”，調查之後提妲會單獨進入這個門，門裏面有劇情戰。
月之門①（前篇）進入後發生劇情戰，註意敵人的HP少於壹半就會使用降低我方MOV的攻擊技能“月光瘋狂”，多用回復彈和煙幕彈即可。戰鬥後只需要觀看劇情即可，出來之後獎勵3000mira和長筒·改。
看完月之門①之後回到主線。註意今後所有這樣的機關都叫做“門”，門上面會標有進入門的條件，只有滿足條件才能進入，門裏面壹般是長篇故事（月之門1~5），短篇故事（星之門1~15）和小遊戲（太陽之門1~5），完成門的劇情後會獲得獎勵。今後門也將有傳送功能，所以建議玩家見到壹個門無論能不能進入都要先調查壹下，今後可以直接通過傳送來到這裏。
繼續前進，進入翡翠回廊②。翡翠回廊②比較復雜，傳送陣很多，先往南走會看到壹個石碑，調查石碑就會激活該石碑，今後可以通過傳送直接來到這裏。建議先把A-B這個支路走完，拿全寶箱並調查太陽之門①（現在進不去）。回來之後走C-D-E-F這條支線，進入埃爾賽尤號，在埃爾賽尤號底層機關室的卡佩爾上面可以將船內的三處上鎖的門全部解鎖，現在調查整個船並拿全寶箱，註意甲板上的和作戰室內的，很容易漏掉。在駕駛室內發現新的封印石，帶著封印石回到據點，在石碑處解封，尤利婭加入。尤利婭初期的戰鬥力很強，今後也可以作為重要戰鬥力參戰。尤利婭解封之後翡翠回廊②終點的結界消失，直接傳送到回廊的石碑處，繼續前進，來到翡翠回廊③。
翡翠回廊③就是壹個螺旋形下降的直路，壹直前進就能到終點。終點有石碑，做好準備之後繼續前進吧。前方的BOSS弱空，建議給所有人配出“暗物質”魔法，並補滿CP。BOSS戰開始階段，戰場四角分別有壹個雕像不斷使用直線攻擊的戰技，所以初期要全力攻擊這四個雕像，並盡量躲避他們的直線攻擊，主BOSS貝沃此時主要用吸血攻擊，威脅不大，此時我方缺乏群體恢復魔法，所以站位不要太分散，用提妲的回復彈來進行回復。消滅四個雕像後再來攻擊貝沃，貝沃有三個形態，前兩個形態戰鬥力都不強，做好回復即可，如果驅動魔法的話馬上打斷，第壹形態要用暗物質攻擊，第二形態盡量用連鎖攻擊（跟SC壹樣，尤利婭參加連鎖時會對區域內所有敵人攻擊兩次），第三形態敵人會全體攻擊，凱文的星杯領域應該這時候使用了，第三形態也盡量用暗物質攻擊，其他攻擊方式效率都不太高。
戰鬥勝利後發生劇情，第壹話結束。
英雄傳說6：空之軌跡the 3rd簡體中文版