1、光學顯微鏡
顯微鏡光學顯微鏡主要由目鏡、物鏡、載物臺和反光鏡組成。目鏡和物鏡都是凸透鏡，焦距不同。物鏡相當於投影儀的鏡頭，物體通過物鏡成倒立、放大的實像。目鏡相當於普通的放大鏡，該實像又通過目鏡成正立、放大的虛像。反光鏡用來反射，照亮被觀察的物體。反光鏡壹般有兩個反射面：壹個是平面，在光線較強時使用；壹個是凹面，在光線較弱時使用。
2、電子顯微鏡
電子顯微鏡是根據電子光學原理，用電子束和電子透鏡代替光束和光學透鏡，使物質的細微結構在非常高的放大倍數下成像的儀器。
分類：
1、電子顯微鏡
電子顯微鏡的分辨能力以它所能分辨的相鄰兩點的最小間距來表示。20世紀70年代，透射式電子顯微鏡的分辨率約為0.3納米(人眼的分辨本領約為0.1毫米)。現在電子顯微鏡最大放大倍率超過300萬倍，而光學顯微鏡的最大放大倍率約為2000倍，所以通過電子顯微鏡就能直接觀察到某些重金屬的原子和晶體中排列整齊的原子點陣。
2、光學顯微鏡
通常指由光學部分、照明部分和機械部分組成。無疑光學部分是最為關鍵的，它由目鏡和物鏡組成。早於1590年，荷蘭和意大利的眼鏡制造者已經造出類似顯微鏡的放大儀器。目前光學顯微鏡的種類很多，主要有明視野顯微鏡（普通光學顯微鏡）、暗視野顯微鏡、熒光顯微鏡、相差顯微鏡、激光掃描***聚焦顯微鏡、偏光顯微鏡、微分幹涉差顯微鏡、倒置顯微鏡。
電子顯微鏡有與光學顯微鏡相似的基本結構特征，但它有著比光學顯微鏡高得多的對物體的放大及分辨本領，它將電子流作為壹種新的光源，使物體成像。自1938年Ruska發明第壹臺透射電子顯微鏡至今，除了透射電鏡本身的性能不斷的提高外，還發展了其他多種類型的電鏡。如掃描電鏡、分析電鏡、超高壓電鏡等。結合各種電鏡樣品制備技術，可對樣品進行多方面的結構 或結構與功能關系的深入研究。顯微鏡被用來觀察微小物體的圖像。常用於生物、醫藥及微小粒子的觀測。電子顯微鏡可把物體放大到200萬倍。
3、臺式顯微鏡
主要是指傳統式的顯微鏡,是純光學放大，其放大倍率較高，成像質量較好，但壹般體積較大,不便於移動,多應用於實驗室內,不便外出或現場檢測。
4、便攜式顯微鏡
主要是近幾年發展出來的數碼顯微鏡與視頻顯微鏡系列的延伸。和傳統光學放大不同,手持式顯微鏡都是數碼放大,其壹般追求便攜,小巧而精致,便於攜帶;且有的手持式顯微鏡有自己的屏幕,可脫離電腦主機獨立成像,操作方便,還可集成壹些數碼功能,如支持拍照,錄像,或圖像對比,測量等功能。
5、數碼液晶顯微鏡
該顯微鏡保留了光學顯微鏡的清晰，匯集了數碼顯微鏡的強大拓展、視頻顯微鏡的直觀顯示和便攜式顯微鏡的簡潔方便等優點。
使用註意事項：
1、持鏡時必須是右手握臂、左手托座的姿勢，不可單手提取，以免零件脫落或碰撞到其它地方。
2、輕拿輕放，不可把顯微鏡放置在實驗臺的邊緣，應放在距邊緣10cm處，以免碰翻落地。
3、保持顯微鏡的清潔，光學和照明部分只能用擦鏡紙擦拭，切忌口吹手抹或用布擦，機械部分用布擦拭。
4、水滴、酒精或其它藥品切勿接觸鏡頭和鏡臺，如果沾汙應立即用擦鏡紙擦凈。
5、放置玻片標本時要對準通光孔中央，且不能反放玻片，防止壓壞玻片或碰壞物鏡。
6、要養成兩眼同時睜開觀察的習慣，以左眼觀察視野，右眼用以繪圖。
7、不要隨意取下目鏡，以防止塵土落入物鏡，也不要任意拆卸各種零件，以防損壞。
8、使用完畢後，必須復原才能放回鏡箱內，其步驟是：取下標本片，轉動旋轉器使鏡頭離開通光孔，下降鏡臺，平放反光鏡，下降集光器(但不要接觸反光鏡)、關閉光圈，推片器回位，蓋上綢布和外罩，放回實驗臺櫃內。最後填寫使用登記表。(註：反光鏡通常應垂直放，但有時因集光器沒提至應有高度，鏡臺下降時會碰壞光圈，所以這裏改為平放)。