3月3日晚18點22分，南京大學小百合BBS系統維護小組帳號BBSADM在SYSOP討論版發布通告宣布小百合自3月5日起進行系統維護，然而並未公布重新開放日期。
2005年3月5日起，小百合BBS進入系統維護狀態，公眾網域名因為DNS錯誤無法使用，而教育網域名和公眾網IP地址218.94.36.113仍舊可以訪問，同時普通用戶被取消了在版面發布文章的權限，只保留在百合Blog系統發文的權限。而版主仍舊可以管理版面。許多版主通過以telnet方式開設投票箱、合集版面已有文章而後修改合集、封禁自己的帳號令系統自動發文然後修改系統消息的方式發布信息。
2005年3月15日，小百合系統曾短暫恢復正常運行，重新開放了普通用戶發文的權限。所有用戶的信息被恢復到3月5日關站時的數據。而僅僅壹天過後再次進入全站只讀狀態，幾乎所有版主被解除版主權限。百合Blog系統仍然正常運作。
2005年3月18日晚，小百合首頁出現公告，在措辭上以“南京大學BBS網站”取代了慣用的“南京大學小百合BBS”壹詞，很多用戶在Blog系統上留言認為這實際上宣告南京大學小百合BBS已經死亡。
而與此同時，在小百合BBS的Blog系統上廣泛流傳這樣壹則消息，稱經過小百合前站務總管genie確認了解到，小百合站務組與校方的談判“已經基本破裂”，“小百合不日將關閉”，“站務組和技術組總辭職”，“學校另開新的實名制BBS”，並提醒用戶盡快備份所需資料。
2005年3月20日晚10點半左右，小百合Blog系統停止運行，用戶被取消了在Blog發表文章和評論的權限。根據小百合Blog系統首頁的顯示，最後壹位用戶更新Blog的時間為22點34分。壹些沒有來得及備份Blog的用戶發現很難連接小百合BBS。小百合BBS公網域名和IP失效，僅剩教育網域名和IP。幾乎同時，http://202.119.32.106 的校內新臨時BBS測試也已經展開。
2005年3月22日北京時間00點04分，小百合BBS徹底停止運行，其教育網IP 202.119.32.102已經被新的南京大學BBS獲得，對全校全面開放。公眾網網址和公眾網IP地址218.94.36.113停止使用。
紀念活動
2005年3月19日中午13點，小百合BBS用戶Steady在自己的Blog裏發布文章稱自己會在3月21日晚上8點在南京大學鼓樓校區南園小廣場擺上“壹束百合壹只白色紙鶴”為百合送行，壹時間被眾多百合用戶紛紛轉載，這條消息通過手機短信幾乎傳遍了全校。3月21日晚8點左右，小百合BBS的眾多用戶，包括很多浦口校區的同學，來到南京大學鼓樓校區南園，冒雨自發地舉行了紀念活動。許多人送上了百合花和紙鶴為小百合BBS“送行”。
南京市公安部門高度緊張，布置了大量人力以防不測。南京大學校方也要求各院系的輔導員在當晚嚴陣以待，勸退各自院系的學生。