政府需要補償因征收民辦學校造成的停產停業損失、裝修費用、拆遷安置等費用。民辦學校屬於經營性用房，按照規定，征收經營用房應當按照商業用房性質進行補償，商業用房的拆遷補償要高於普通的住宅用房。按照經營用房補償的前提是，開辦民辦學校有合法的手續和證件，使用的房屋是合法的建築。征收是指征收主體國家基於公***利益需要，以行政權取得集體、個人財產所有權並給予適當補償的行政行為。房屋征收是指由房屋征收部門通常是政府城建部門在摸底立項的基礎上對居民百姓居住房屋的土地使用權的有償回收。征用是國家依照法律規定的條件將集體或個人的土地等財產收歸公用的措施。分有償征用和無償征用。在我國，有償征用如適應國家建設的需要，有關部門以支付賠償費等方式征用集體所有制單位或農民所耕種的土地，征用單位要照顧被征者的利益，做到國家、集體、個人利益相結合。無償征用如征用全民所有制單位的土地等。
法律依據：
《國有土地上房屋征收與補償條例》
第十七條 作出房屋征收決定的市、縣級人民政府對被征收人給予的補償包括：
（壹）被征收房屋價值的補償；
（二）因征收房屋造成的搬遷、臨時安置的補償；
（三）因征收房屋造成的停產停業損失的補償。
市、縣級人民政府應當制定補助和獎勵辦法，對被征收人給予補助和獎勵。
第二十二條 因征收房屋造成搬遷的，房屋征收部門應當向被征收人支付搬遷費；選擇房屋產權調換的，產權調換房屋交付前，房屋征收部門應當向被征收人支付臨時安置費或者提供周轉用房。
第二十三條 對因征收房屋造成停產停業損失的補償，根據房屋被征收前的效益、停產停業期限等因素確定。具體辦法由省、自治區、直轄市制定。
衍生問題：
房屋征收是搬遷後補償嗎？
實施房屋征收應當先補償、後搬遷。
作出房屋征收決定的市、縣級人民政府對被征收人給予補償後，被征收人應當在補償協議約定或者補償決定確定的搬遷期限內完成搬遷。
任何單位和個人不得采取暴力、威脅或者違反規定中斷供水、供熱、供氣、供電和道路通行等非法方式迫使被征收人搬遷。禁止建設單位參與搬遷活動。