區域合作的基礎和原則是自願平等，互惠互利 、優勢互補、相互協調 。
區域合作就是地區間的合作，經濟學所說的“合作”，其含義不壹定僅指利他主義行為：我幫助妳，妳也要幫助我。合作博弈中的均衡；是非博弈的均衡，只要該均衡能使雙方受益。只要是有序的競爭，就是合作。?自願平等，互惠互利由於各個區域都有自己相對獨立的經濟權益，合作地追求和維護自己的經濟權益，所以區域合作就必須是自願、平等的。
優勢互補，相互協調區域合作要盡量發揮各個區域的經濟優勢，相互取補，擴大經濟優勢的影響力。區域之間在空間上盡量相連從經濟聯系的角度看，空間上相連的區域壹般都存在各種各樣的傳統經濟聯系，這是促成合作的重要基礎。同時，區域之間在空間上相連便於要素流動，有利於開展合作。
區域合作的健全區域協調機制
順應社會主義市場經濟發展的潮流，國家及有關部委，應將大量跨地區事務直接交由區域合作組織和機構去辦理，並遵循“輪流坐莊、協商壹致”的決策和運行機制。但鑒於單壹制國體的現實，在橫向的區域合作機制難以達成壹致意見的情況下，可將相關事務的協調職責納入國家綜合部門或專業部門，並明確分別寫入其“三定”方案，成為其法定職責。
壹般情況下，沒有必要設立大量的非常設協調機構。以往的實踐經驗證明：這類機構由於人員無編、職權無據、經費無著，往往雷聲大、雨點小，效能低下、無果而終。中央政府部門在行使協調職能的過程中，必須要以區域政府間自主協商的充分性為前提，防止中央政府權力對區域性事務的過度幹預。區域自主協商和中央介入協調的有機統壹，將有效規範地方競合關系的形成和矯正。